Сюжет берёт начало с того момента Чистого неба, когда Стрелок смог оторваться от Шрама, двигаясь через Выжигатель. Он связывается с Доктором, который в это время поджидал его у заветного места, чтобы обсудить и реализовать дальнейший план похода. Мы снова пройдём через Припять, неизведанные части станции, увидим пугающие и страшные явления Зоны, испытаем экшн, хардкор и в то же время отчуждённость и одиночество. Своего рода предыстория заканчивается на том же моменте, что и в прошлой части, а дальше...
Основная сюжетная линия крайне точно отражает название части - Другая реальность. Каждый бывалый игрок знает, как начинался сюжет ТЧ, как в результате случайных совпадений мы выживаем, оказываемся на Кордоне и дальше выполняем задания на надоедливого торговца, ищем Стрелка и в конце концов всё узнаём. Но никто никогда не задумывался - а что, если бы всё произошло не так? Что, если главный герой не оказывается сначала на Кордоне? Что, если ему не достаётся задание убить самого себя, а убить Стрелка должен кто-то другой? Суть игры в корне меняется, а что из этого вытекает - неизвестно. Основное расследование игры теперь построено иначе, однако сохранились и некоторые основные оригинальные квесты.
Кроме сильно изменённой оригинальной сюжетной линии интегрировано несколько мини-сюжетов со своими квестами и расследованиями:
- Поиск артефакта "Ведьмин студень".
- Война с бандитами.
- Работа на торговца по кличке Баркас.
- Тайна наёмников.
Некоторые сюжетные линии переплетаются друг с другом.

Погода.

- Переделана мрачная и облачная погода, добавлены новые скайбоксы.
- Исправлены все баги, связанные с погодой: туман в лабораториях, сбой таймера из-за которого происходило такое явление, как вечная ночь.
- Уменьшена доля дождливой погоды. Дождя уже практически нет, на текстурах лёгкий иней.
- Заменена почти вся амбиент озвучка. Вырезано 100500 мегабайт лишних на мой взгляд звуков, переработан существующий амбиент.
- Выключены грозы. Поздней осенью их в принципе не бывает.
- Исправлены все текстуры амбиента в соответствии с цветом неба. Устранены режущие глаза пересветы. В прошлой версии можно было встретить такую неприятную картину - тёмное небо и светлое окружение. В этой части подобный недочёт исправлен.
- Заменены некачественные текстуры неба с пиксельными шумами РГБ.

Текстуры.

- Заменены половина текстур коры деревьев на более удачные аналоги. И текстуры камней в том числе.
- Заменены текстуры земли, подправлен террайн на каждой из локаций на более холодный и естественный цвет земли, ближе к серому.
- Заменены текстуры лиственного покрова. Теперь это не сплошное непонятное мессиво, а вполне реалистичная, чёткая текстура опавшей листвы.
- Улучшены текстуры иконок. Направление - ближе к оригинальному стилю.
- Заменены неудачные текстуры веток деревьев на более реалистичные.
- Отредактированы текстуры травы под ещё более естественный цвет, плюс добавлен слабый эффект инея.
В общем, главной моей целью было довести графику до атмосферного совершенства. Насколько мне это удалось - решать вам.

- Бинарная трансмутация артефактов - образование из двух артефактов одного в результате реакции соединения, происходящей при определённых условиях. Опыты трансмутации проводят только учёные, так как многие условия, которые требует реакция, невозможны в естественной среде. Бинарные трансмутанты являются искусственными образованиями. Их продажа вам не принесёт выгоды. Поэтому их основное предназначение - это ношение на поясе. Далеко не все артефакты могут участвовать реакции. Более подробная информация об этом явлении предоставлена собственно в игре.
- Добавлен новый редчайший погодный эффект (сюрприз).
- Интергирован рюкзак для создания собственной нычки. Скрипт написан с нуля, не взят из АМК.
- Отключён свет в лабораториях. Почему он присутствовал в оригинале, откуда бралось электропитание - вопрос. Теперь вас спасёт только фонарик или хороший прибор ночного видения. Лаборатории дополнительно заселены монстрами.
- Добавлено 7 совершенно новых артефактов со своими свойствами и особенностями. (модели взяты из SAP)
- Теперь можно брать некоторые типы не очень больших канистр и переносить их в рюкзаке.
- Крайне изменён баланс игры. Основное направление - это реализм и усложнение, отчуждённость, выживание и иногда хардкор. Теперь хорошо заработать можно только на артефактах, которые встречаются в 2 раза реже, чем в оригинале. Лично от себя скажу - это первый мод, где мне пришлось покупать аптечки. Увеличен респавн монстров, уменьшен респавн сталкеров, полностью откорректирован ценовой баланс, торговля.
- Полностью изменено содержимое оригинальных тайников.
- У сталкеров теперь можно найти: части монстров, детекторы, гитару, гармошку, пда. Соотвественно на лут влияет принадлежность к группировке, сложность игры и локация, где вы обыскиваете. (естественно, коготь химеры или руку псевдогиганта на Кордоне вы не найдёте).
- Добавлено несколько уникальных модификаций оригинального оружия. Некоторые розданы неписям.
- Теперь аптечки используются дважды. Сначала - обычная, а потом то, что осталось после первого приёма. (как в SGM)
- На игровые локации добавлено ещё 109 аномалий.
- Добавлен радиопротектор, как в ЗП.
- Новая система сна. Сон происходит в специально предназначенных для этого зонах, с использованием спального мешка. Зоны отмечаются на карте при заходе на локацию, и соответственно удаляются при уходе с неё. Нельзя спать во время выброса, при дозе радиации и низком состоянии здоровья.
- Система трёхразового сухпайка.